Die Wasserfledermaus zählt zu den mittelgrossen Fledermausarten in der Schweiz. Der Rücken ist dunkel (grau-braun), der Bauch hell (grau-weiss) gefärbt, die Farbgrenze zwischen Ober-und Unterseite ist meist scharf. Auffällig sind die relativ grossen Füsse. Sowohl der Schwanz als auch die Ohren sind relativ kurz. Der Ohrdeckel ist lang und spitz zulaufend.
Wasserfledermäuse wählen Baumhöhlen, Nistkästen, enge Spalten unter Dächern, den Raum hinter Fensterläden oder Mauerspalten als Wochenstuben. Ähnlich wie die Bechsteinfledermäuse und die Fransenfledermäuse wechseln auch Wasserfledermäuse häufig ihr Quartier. Ein bestimmter Baum ist ohne menschliche Störung nur für kurze Zeit von wenigen Tagen bis zu maximal drei Wochen besetzt. Die Weibchen wechseln das Quartier mit noch flugunfähigen Jungtieren. Männchengesellschaften findet man gelegentlich in Sommerquartieren unter Brücken.
Ab August beginnen sich Wasserfledermäuse zu paaren. Die Paarungen können sich sogar bis ins Winterquartier hinziehen. Bisher konnte kein Balzverhalten nachgewiesen werden.
Wasserfledermäuse zählen zu den Mittelstreckenwanderern unter den Fledermäusen. Sie legen Distanzen zwischen 20 und 250km zurück, um vom Sommer- ins Winterquartier zu gelangen. Wasserfledermäuse überwintern in Höhlen und Stollen. Dort verkriechen sie sich entweder in Spalten oder hängen frei an den Wänden. Sie wurden aber auch schon im Bodenschotter versteckt gefunden. Zuerst erscheinen jeweils die Männchen, dann die Weibchen und schliesslich die Jungtiere im Winterquartier und verbringen da die Zeit von Oktober bis März.
Wasserfledermäuse fressen hauptsächlich Mücken und Fliegen. Je nach Saison ernähren sie sich nebenbei auch von Netzflüglern. Innerhalb der Mücken und Fliegen dominieren eindeutig die Zuckmücken den Speisezettel.
In der Schweiz besiedelt die Wasserfledermaus das ganze Mittelland, den
Jura und die Alpentäler. Wie keine andere einheimische Fledermausart ist sie
an Gewässer mit ruhiger Oberfläche, d.h. an Seen, Weiher und ruhig
fliessende Flüsse gebunden.
Im Kanton Zürich sind rund 25 Quartiere bekannt. Knapp 20 befinden sich in
Baumhöhlen und nur gerade zwei Kolonien leben in Gebäuden. Es konnte nur bei
vier Kolonien der Wochenstubennachweis erbracht werden. Im Winter können in
Höhlen und Stollen auch vereinzelt schlafende Wasserfledermäuse angetroffen
werden.
Eine Wasserfledermauskolonie kennt meist mehrere Baumhöhlen, zwischen denen sie hin und her wechselt. Deshalb heisst dies für die Waldbewirtschaftung, dass im Wald immer mehrere Bäume mit Höhlen (40 pro 10ha) stehen gelassen werden sollten. Wichtig ist die Erhaltung von Gewässern mit einer optimalen wassergebundenen Insektenfauna. Zur Förderung des Quartierangebots sind Ufergehölze, gewässernahe Alleen, Baumgärten und Parkbäume naturnah zu bewirtschaften. Die Erhaltung struktureller Vernetzungen der Jagdgebiete mit den Tagesschlafquartieren durch Hecken, Bach und Feldgehölze, Baumgärten und Alleen hat hohe Priorität.