29 der 30 einheimischen Fledermausarten sind bedroht. Die hauptsächliche Gefährdung stellt die heute in vielen Landschaften ungenügende Nahrungsgrundlage dar, denn der Mensch hat die Nahrungsbasis der Fledermäuse auf verschiedene Arten geschmälert. Hauptverantwortlich ist die Intensivierung der Landwirtschaft, welche viele wertvolle Insektenbiotope zerstört hat.
Einige Fledermausarten leiden auch unter einem Mangel an geeigneten Unterschlüpfen. Intensive Forstwirtschaft lässt Höhlenbäumen kaum mehr eine Chance und die Bautätigkeit in Siedlungsräumen zerstört Unterschlüpfe.
Alle einheimischen Fledermausarten sind bundesrechtlich geschützt. Trotz dieser guten Ausgangslage haben Schutzbemühungen nicht immer den gewünschten Erfolg, weil weite Teile der Bevölkerung noch immer nicht gewillt sind, Fledermäuse als schützenswerte Tiere zu akzeptieren. Der Fledermausschutz strebt deshalb weiterhin an, durch Sympathiewerbung und Aufklärungsarbeit die Bevölkerung für Fledermäuse zu sensibilisieren und Vorurteile aus der Welt zu schaffen. Weiter setzen sich Fledermausschützende für die Erhaltung und Förderung der Fledermausunterschlüpfe und Jagdgebiete ein.
Der Wissenschaftliche Rat der Koordinationsstellen begleitet und unterstützt die Aktivitäten der Koordinationsstelle Ost für Fledermausschutz sowie der entsprechenden Koordinationsstelle West.
Die Koordinationsstelle Ost für Fledermausschutz koordiniert alle Aktivitäten in den 16 Kantonen der östlichen Landeshälfte. Sie ist die zentrale Anlaufstelle in allen Belangen des Fledermausschutzes für Behörden, Institutionen und in Absprache mit den Regionalen Fledermausschutzexperten auch für die Öffentlichkeit. Sie verwaltet zuhanden des Bundes die Resultate der Inventararbeiten aller beteiligten Kantone. Darüber hinaus verwaltet sie eine umfangreiche Fledermausschutz-Dokumentation und eine Literatursammlung.
Die Regionalen Fledermausschutz-ExpertInnen (RFE) arbeiten im Auftrag der Kantone. Die Fledermausschutzaktivitäten in den verschiedenen Kantone sind Bestandteil des Gesamtprojektes Schweizerische Koordinationsstelle für Fledermausschutz.
Lokale Fledermausschützende (LFS) unterstützen die RFE und bemühen sich, die Bevölkerung ihrer Wohnregionen mit den Fledermäusen vertraut zu machen. LFS kümmern sich ehrenamtlich um den Schutz der Fledermäuse.
Quartierbetreuende kümmern sich um die permanente Überwachung bekannter Fledermausunterschlüpfe. Sie benachrichtigen bei Bedrohung die RFE, damit die notwendigen Schutzmassnahmen ergriffen werden können. Mit dieser ehrenamtlichen Tätigkeit garantieren die Quartierbetreuenden den Schutz dieser Einzelobjekte.