Bei den einheimischen Fledermausarten (einzige Ausnahme ist die Langflügelfledermaus) kommt es bei der Paarung im Herbst nicht unmittelbar zur Befruchtung. Die Weibchen speichern die Spermien den ganzen Winter über in der Gebärmutter. Erst im Frühjahr kommt es bei den Weibchen zum Eisprung und damit zur Befruchtung der Eizelle, welche sich dann zu entwickeln beginnt. Da ruhende Fledermäuse bei kühler Witterung in Lethargie verfallen können und damit die Stoffwechselfunktionen gedrosselt werden, wird das Wachstum der Embryonen verlangsamt. Deshalb hängt die Länge der Schwangerschaft stark von der Frühjahrswitterung ab. Sie dauert meist fünf bis zehn Wochen.
Für die Geburt und Jungenaufzucht bilden die Weibchen sogenannte Wochenstubenkolonien. Ein möglicher Grund dafür dürfte die soziale Thermoregulation sein, das heisst, die Tiere wärmen sich durch das Zusammenrücken gegenseitig. Dadurch wachsen die Embryonen schneller und die Tragzeit wird verkürzt.
Die Geburt der Jungen fällt bei den meisten Arten in die erste Junihälfte, wobei die Höhenlage des Wochenstubenquartiers diesen Geburtstermin hinauszögern kann. Fledermausweibchen gebären in der Regel ein Junges, gewisse Arten auch Zwillinge. Ein Fledermausjunges kommt mit den Füssen voran zur Welt. Es ist flugunfähig, blind und fast nackt, hat aber bereits Milchzähne, mit denen es sich gleich an einer der beiden Milchzitzen bei den Achseln der Mutter festbeisst und zu saugen anfängt. Fledermausjunge haben bei der Geburt rund ein fünftel des mütterlichen Gewichts. Beim Menschen würde das bedeuten, dass eine 60kg schwere Frau ein rund 12kg schweres Kind zur Welt bringen würde!
Für die Jungenaufzucht schliessen sich die Fledermäuse zu Gruppen, sogenannten Wochenstubenverbänden, zusammen. Ein Unterschlupf in welchem Junge aufgezogen werden, nennen wir Wochenstube. Die Jungen werden von ihrer Mutter ausschliesslich gesäugt; es wird ihnen also kein Futter zugetragen. Jedes Weibchen säugt nur sein eigenes Jungtier. Die Säugezeit dauert drei bis zehn Wochen. Sie variiert von Art zu Art und ist auch von den Witterungsbedingungen abhängig. Während die Mütter auf nächtliche Insektenjagd gehen, schliessen sich die Jungen zu Gruppen zusammen, um sich gegenseitig zu wärmen. Die Mütter fliegen jede Nacht wenige Male in die Wochenstube, um ihr Junges zu säugen. Jede Mutter erkennt ihr eigenes Jungtier anhand seiner Rufe und seines Geruchs. Nach der Entwöhnung der Jungen lösen sich die Wochenstubenverbände wieder auf.
Die Weibchen sind während der Säugezeit ganz besonders auf Ruhe und Sicherheit angewiesen, da ihre Jungen selber nicht flüchten können und der Transport ein schwieriges Unterfangen sein kann.
Darum Hände weg von ruhenden Fledermäusen und keine Besuche in Wochenstubenkolonien!
Nachdem die Männchen der meisten Fledermausarten die Sommermonate einzeln verbracht haben, finden sie sich im Herbst mit den Weibchen zur Paarung zusammen.
Bei einigen Arten balzen die Männchen um die Weibchen. Die paarungsbereiten Männchen verhalten sich in dieser Zeit territorial, d.h. sie vertreiben andere paarungsbereite Männchen aus "ihrem" Paarungsquartier oder beanspruchen einen bestimmten Luftraum rund um das Paarungsquartier. Bei einigen Arten manifestieren die Männchen ihre Territorialansprüche durch weithin auch für unser menschliches Ohr hörbare Balzgesänge in ihren Paarungsquartieren. Bei anderen Arten stellen sich die Männchen nicht nur akustisch sondern auch optisch zur Schau, indem sie auffällige Paarungsflüge im beanspruchten Territorium vorführen und gleichzeitig laute Balzrufe ausstossen. Solche Paarungssysteme sind Weibchenwahlsysteme, d.h. die Weibchen suchen sich unter den vielen balzenden Männchen ihnen zusagende Partner aus, wobei sie sich in der Regel mit mehreren Männchen verpaaren. Im Gegensatz dazu gibt es Arten, bei denen kein Balzverhalten feststellbar ist. Hier suchen die Männchen nach Weibchen und paaren sich mit ihnen. Die Paarungszeit dieser Arten zieht sich bis in den Winter hinein und es kommt auch zu Paarungen mit lethargischen Weibchen im Winterquartier. Von allen einheimischen Arten sind gemischtgeschlechtliche Winterschlafgruppen bekannt.
Im Herbst fallen bei uns die Temperaturen immer tiefer. Für Fledermäuse beginnt der Winterschlaf. In Höhlen Stollen, Naturkellern und Scheiterbeigen führt dies zu Körpertemperaturen um fünf bis acht Grad Celsius, und in Spalträumen an Gebäudefassaden kann sie noch tiefer sinken. Fällt die Aussentemperatur längere Zeit unter Null, so setzen gewisse Arten gezielt gerade soviel Energie frei, dass die Körpertemperatur im optimalen Winterschlafbereich stabilisiert wird oder sie heizen sich auf Wachtemperatur auf und suchen sich ein neues Versteck.
Während der Tagesschlaflethargie und im Winterschlaf werden alle Stoffwechselfunktionen gedrosselt - im Extremfall treten Atempausen von mehr als 60 Minuten auf. Die Herzschlagfrequenz reduziert sich von 600 Herzschlägen pro Minute im Wachzustand auf fünf bis zwanzig Schläge pro Minute im Winterschlaf. Solche winterschlafende Fledermäuse sind motorisch nur eingeschränkt reaktionsfähig, sensorisch jedoch "hellwach" und so führt jede noch so geringe Störung (z.B. Höhlenbesucher mit Taschenlampen) zur sofortigen Steigerung der Herzschlagfrequenz und der Aufwachvorgang, der sich über eine halbe Stunde hinziehen kann, setzt unaufhaltbar ein. Dieser Aufwachvorgang und die Wachzeit, bis das Tier einen neuen, sicheren Ruheplatz gefunden hat, verbrauchen im Vergleich mit der Schlafzeit ein vielfaches an Energie.
Darum Hände weg von winterschlafenden Fledermäusen und keine Besuche in Winterschlafquartieren!